Строительство и попечение о храме Иоанна Предтечи во Фрянове связано с дворянином Иваном Лазаревым, владельцем села с 1779 года. В 1797 году он заканчивает строительство каменной церкви с одним престолом во имя Собора Иоанна Предтечи, а в 1801 году деревянного усадебного дома, которыми до сего дня славится посёлок.

Младший брат Ивана Лазарева Иоаким (Аким, Еким) подробно описал современное ему Фряново в своей «Обстоятельной записке о шёлковой фабрике» (1807 г.):

«В селе: Церковь новопоставленная с колокольнею по новой архитектуре, покрытая железом и снабжённая всей утварью, в коей Божия служба отправляется». Здание представляет собой крестово-купольное сооружение в форме латинского креста, с большим одноапсидным алтарем и двумя классическими портиками, украшающими северный и южный фасады.

Значительная по своим размерам, она была крупнейшим сооружением не только во Фрянове, но и среди окружающих поселений. Молитвенный зал площадью 500 кв.м. вмещал многие сотни молящихся, в том числе и прибывших из ближайших деревень, где не было церквей.
По сохранившимся описям церковного имущества новопоставленный храм был богато украшен, снабжен резным золоченым иконостасом с иконами в рамах, с большими царскими вратами и драгоценной утварью. Архитектурные детали — обрамления проемов, капители колонн и пилястр, карнизы снаружи выполнены из белого камня, а внутри — лепные. Колокольня храма трехъярусная. Нижние два яруса — квадратные в плане, верхний ярус звона — круглый. В начале 20 века на колокольне были: большой колокол — 400 пудов, средний — 153 пуда, три малых — общим весом 150 пудов. Отапливалась церковь печами, расположенными по сторонам западного входа, затем посредством калориферного отопления, которое располагалось в подножии восточной части трапезной храма. Среди множества икон в храме была местночтимая икона Тихвинской Божией Матери старинного письма в кованной серебряно-вызолоченной ризе размером 7хб вершков. На содержание священно- и церковнослужителей с 1797 года получалось «денежный куш 400 руб. ассигнациями на причт» от владельцев Фрянова, а затем 60 руб. серебром в год от жителей Фряновской слободы — мещан. В 20-40 годы XX столетия в храме служили священники Николай Дмитриевич Кудрявцев, Михаил Михайлович Никологорский, диакон Иона Иванович Матвеев.

Настоятель фряновского храма Михаил Никологорский был арестован 5 декабря 1937 года и сразу же допрошен. 9 декабря 1937 года тройка НКВД приговорила отца Михаила к десяти годам заключения в исправительно-трудовой лагерь. Отец Михаил был отправлен на общие работы в лагерь на Беломорско-Балтийском канале и прожил недолго. Священник Михаил Никологорский скончался в заключении 2 марта 1938 года и был погребен в безвестной могиле.

Ныне он прославлен в сонме новомучеников и исповедников Российских. Память священномученика Михаила совершается в день его смерти – 17 февраля (2 марта), а также в день празднования Собора новомучеников и исповедников Российских.

По закрытии церкви в предвоенные годы в 1940 году было уничтожено внутреннее ее убранство, большая часть икон и утвари. В Госфонд в ноябре 1940 года передаются серебряные изделия в 32 кг: кресты, сосуды, трехсвечники, лампады, оклады от Евангелий. В июне 1940 года с алтаря смывается золото, Все имущество церкви распродается: ковры, шкафы, свечи, столы. Сдается 1,5 тонны цветного металла. В годы Великой Отечественной войны здание церкви использовалось для ремонта тракторов. Затем как склад торговых организаций и стеклотары. Из-за хранения соли даже оставшиеся росписи были уничтожены вместе со штукатуркой до голого кирпича. Церковь стала быстро разрушаться, особенно з-за порчи кровли, но волею Божией время запустения было остановлено, В 1989 году храм был передан церковной общине, которая с помощью Фряновской общественной комиссии «Пробуждение» подготовили здание церкви к богослужению. 30 января 1990 года храм был открыт для служения. Настоятелем храма был назначен протоиерей Василий Решетняк (+2010 г.), молитвами и трудами его, усилиями приходского совета и прихожан была проделана большая работа по восстановлению храма. Храм был приведен в терпимое состояние, вывезены горы мусора, вставлены окна и двери, появилась возможность совершать богослужения. Крыша и купол были покрыты медью, водружены кресты, проведено газовое отопление. Выбоины в полу были забетонированы. В конце 1997 года отца Василия перевели настоятелем храмов в селе Гребнево, а во Фряново назначили иерея Михаила Герасимова. В это время храм оставался с неоштукатуреными стенами и искареженным тракторными гусеницами полом. Росписи в храме не сохранились, отсутствовал иконостас. Ступени парапетов с южной и северной стороны были погребены под толстым земляным слоем. Подвал был засыпан землей».

Восстанавление храма продолжилось на приношения прихожан, пожертвования и материальную помощь администрации Фрянова, ЗАО «Фряновская фабрика», АСХО «Фряновское», благотворителей из жителей поселка.

Была проведена реставрация старинных парадных дверей, а новые двери установленые в притворе были выполнены в том же стиле с ручной резьбой.

По следам в стенах была воссоздана и винтовая лестница на колокольню.

Постепенно храм был оштукатурен внутри и снаружи, обустроено помещение для церковной лавки и устроена крестильня с купелью для взрослых.

Расчищен подвал, благоукрашена прилегающая территория и восстановлена ограда. Заасфальтированы дорожки и разбыты клумбы. На территории храма с помощью администрации поселка установлена детская площадка.

Когда богослужения начались в центральной части храма появился временный иконостас с печатными иконами и повешено большое паникадило.

К 2008 году алтарь был расписан в стиле стенописи Дионисия и положен новый керамический пол в храме.

Оборудована звонница с возможностью совершения канонических звонов.

В 2005 году был разработан проект нового иконостаса и установлен его каркас. В следующем году появились первые иконы. Они выполнены в технике яичной темперы на золоте в стиле Московской школы 15 века. В 2011 году завершена установка иконостаса. Вместе с Царскими вратами и дьяконскими дверьми в нем насчитывает 22 иконописных образа. Иконостас и деревянные элементы в храме украшены резными накладками.

5 декабря 2024 года епископ Балашихинский и Орехово-Зуевский Николай освободил отца Михаила Герасимова от обязанностей настоятеля с выражением благодарности за понесенные многолетние усердные труды и назначил Почетным настоятелем прихода. Новым настоятелем стал священник Алексей Рукавицын, который был клириком этого храма.