Священномученик Николай родился 13 апреля 1900 года в городе Саратове в семье благочестивых мирян Александра и Евдокии Сафоновых, два сына которых выбрали путь служения Господу, став священниками. Николай окончил четыре класса Саратовской Духовной семинарии, когда произошла революция и духовные образовательные учреждения были закрыты. С 1918 по 1924 год Николай был учителем, а затем певчим на клиросе.

8 ноября 1926 года епископ Подольский викарий Московской епархии Серафим (Силичев) рукоположил его во священника к Преображенскому храму в селе Спас-Купле Подольского уезда. В 1927 году отец Николай был переведен в Троицкую церковь Аристова погоста Богородского уезда и в том же году назначен настоятелем Покровского храма в Голиках на улице Малая Ордынка в Москве. В 1929 году власти закрыли Покровский храм и весь клир был священноначалием переведен в Благовещенский храм на улице Большая Ордынка или, как его сейчас называют, святителя Николая в Пыжах. В 1930 году отец Николай был награжден наперсным крестом.

21 ноября 1932 года священник был арестован и заключен в Бутырскую тюрьму. На следующий день следователь Байбус допросил священника. Отвечая на его вопросы, отец Николай сказал, что ведет переписку со своим братом, архимандритом Стефаном, сосланным «в Уральскую область за контрреволюцию, которую советская власть приписывает всему духовенству», но он никогда не писал в письмах, что в Москве поголовно арестовывают духовенство и закрывают церкви.

Для показаний против священника был вызван свидетель, который показал, что батюшка распространял контрреволюционные слухи и занимался антисоветской деятельностью.

10 января 1933 года Коллегия ОГПУ приговорила отца Николая к трем годам заключения в Свирских лагерях.

Отец Николай был освобожден досрочно в 1934 году и назначен сначала в храм святителя Николая в Пыжах, а затем в храм Ризоположения. Как бывшему в заключении, священнику было запрещено проживание в Москве, и он направлен в город Каширу настоятелем храма Всех святых, где возведен в сан протоиерея. В 1937 году Кашира попала в режимную зону, в которой было запрещено проживание всех осужденных по политическим статьям, и в феврале 1937 года протоиерей Николай был назначен настоятелем храма святых и праведных Иоакима и Анны в городе Можайске.

Протоиерей Николай был арестован 5 декабря 1937 года; 6 и 7 декабря были допрошены в качестве свидетелей служивший вместе с ним диакон храма и некий рабочий. Диакон показал, что протоиерей Николай, приехав в Можайск, окружил себя духовенством, ранее отбывавшим срок за контрреволюционную деятельность. За время служения отца Николая приход значительно увеличился за счет монашек, духовенства и верующих.

9 декабря тройка НКВД приговорила протоиерея Николая к расстрелу. Протоиерей Николай Сафонов был расстрелян 15 декабря 1937 года и погребен в общей безвестной могиле на полигоне Бутово под Москвой.