В дошедших до нашего времени документах 1580-х годов упоминается «Димитровская церковная земля» близ деревни Аничково (впоследствии – село Анискино).

Небольшое село Анискино на реке Клязьме в 1638 году принадлежало думскому дьяку Данилову, а в 1671 году было приписано к землям Потешного двора. В 1687 году сельцо значится в вотчине Алексея Васильевича Плещеева. Его сын, Федор Алексеевич Плещеев, в 1722 году построил здесь деревянную церковь в честь Рождества Богородицы с приделом покровителя православных воинов великомученика Димитрия Солунского.

В 1738 году был построен, и в 1742 году освящен левый придел святителя Алексия, митрополита Московского, а позднее – и остальные приделы: главный во имя Рождества Богородицы и правый – во имя святителя Николая Чудотворца,. В 1808 году были пристроены трапезная и трехъярусная колокольня.

В   1835 году территория храма была обнесена оградой на каменных столбах с трехчастными воротами и часовней Иверской иконы Божией Матери.

В середине XIX века село Анискино принадлежало помещикам Губину и Кареевой. Здесь были небольшие ткацкие фабрики купцов Кожевниковых и Кошелева. С конца XIX века до 1917 года владельцами Анискино и благодетелями нашего храма была семья Четвериковых – суконнозаводчиков и меценатов.

На погосте до последних лет сохранялись надгробия разного времени, в том числе над могилами владельцев: Плещеевых и Четвериковых.

С 1908 г. в храме Рождества Богородицы села Анискино служил дьяконом, а в 1911 г. был рукоположен во священника и вскоре стал его настоятелем Сергей Дмитриевич Кудрявцев. Протоиерей Сергий Кудрявцев был арестован НКВД и расстрелян в 1937 году. В 1958 году – реабилитирован, а в 2006 году священномученик протоиерей Сергий Кудрявцев был причислен к лику новомучеников и исповедников Российских.

В 1922 году храм  наряду с другими был разграблен.

В годы «безбожной пятилетки» в храмах проводились сфабрикованные НКВД так называемые «проверки ГОРФО». В Анискинском храме в результате такой проверки в 1939 году был составлен акт на недостачу «церковных вещей» на сумму 2920 рублей. В 1940 году недостача обнаружена уже на сумму 750 рублей.

Постановлением ВЦИК от 8 апреля 1929 года закрытые храмы было предписано ликвидировать

В 1941 году храм был обречен на уничтожение.

По документу «О ликвидации здания культа» от 1 марта 1941 года храм решено было взорвать.

5 марта 1941 года в с. Анискино присылается «специалист по смыву золота» с иконостасов, а храм передается райпромкомбинату. По акту от 18 апреля 1941 года сдана позолота с иконостаса размером 100 кв. метров.

В 1980 году, в ходе подготовки к Олимпиаде храму опять грозило уничтожение, как объекту «не подлежащему восстановлению».

Но Покров Божией Матери и разросшиеся кусты укрыли храм, он выстоял и был спасен во второй раз.

В конце 1989 года Указом Управляющего Московской Епархией Его Высокопреосвященства митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия, который увидев поруганную святыню, благословил начать ее восстановление.

6 февраля 1990 года, на память Блаженной Ксении Петербургской, настоятелем храма Рождества Богородицы в селе Анискино назначается священник Сергий Казаков.

9 февраля 1990 года после более чем полувекового перерыва совершается первый водосвятный молебен на месте бывшего и будущего алтаря.

16 февраля была совершена первая Божественная литургия в сторожке около развалин храма, а с Благовещания этого же года Божественная литургия служится уже в самом храме.

В настоящее время храм  — памятник истории и культуры — полностью восстановлен и расписан. Освящен храм был в 1997 году.

С 1998 года во вновь построенном на территории храма Приходском доме действует Православная классическая гимназия «Ковчег» с храмом во имя святого апостола и евангелиста  Иоанна Богослова. Действует также воскресная школа для взрослых.